關(guān)于測序常用名詞的解釋整理
高通量測序技術(shù)（High-throughputsequencing，HTS）是對傳統(tǒng)Sanger測序（稱為一代測序技術(shù)）革命性的改變,一次對幾十萬到幾百萬條核酸分子進行序列測定,因此在有些文獻中稱其為下一代測序技術(shù)(nextgenerationsequencing，NGS)足見其劃時代的改變,同時高通量測序使得對一個物種的轉(zhuǎn)錄組和基因組進行細致全貌的分析成為可能,所以又被稱為深度測序(Deepsequencing)。什么是Sanger法測序（一代測序）
Sanger法測序利用一種DNA聚合酶來延伸結(jié)合在待定序列模板上的引物。直到摻入一種鏈終止核苷酸為止。每一次序列測定由一套四個單獨的反應(yīng)構(gòu)成，每個反應(yīng)含有所有四種脫氧核苷酸三磷酸(dNTP)，并混入限量的一種不同的雙脫氧核苷三磷酸(ddNTP)。由于ddNTP缺乏延伸所需要的3-OH基團，使延長的寡聚核苷酸選擇性地在G、A、T或C處終止。終止點由反應(yīng)中相應(yīng)的雙脫氧而定。每一種dNTPs和ddNTPs的相對濃度可以調(diào)整，使反應(yīng)得到一組長幾百至幾千堿基的鏈終止產(chǎn)物。它們具有共同的起始點，但終止在不同的的核苷酸上，可通過高分辨率變性凝膠電泳分離大小不同的片段，凝膠處理后可用X-光膠片放射自顯影或非同位素標記進行檢測。
什么是基因組重測序（GenomeRe-sequencing）
全基因組重測序是對基因組序列已知的個體進行基因組測序，并在個體或群體水平上進行差異性分析的方法。隨著基因組測序成本的不斷降低，人類疾病的致病突變研究由外顯子區(qū)域擴大到全基因組范圍。通過構(gòu)建不同長度的插入片段文庫和短序列、雙末端測序相結(jié)合的策略進行高通量測序，實現(xiàn)在全基因組水平上檢測疾病關(guān)聯(lián)的常見、低頻、甚至是罕見的突變位點，以及結(jié)構(gòu)變異等，具有重大的科研和產(chǎn)業(yè)價值。
什么是denovo測序
denovo測序也稱為從頭測序：其不需要任何現(xiàn)有的序列資料就可以對某個物種進行測序，利用生物信息學(xué)分析手段對序列進行拼接，組裝，從而獲得該物種的基因組圖譜。獲得一個物種的全基因組序列是加快對此物種了解的重要捷徑。隨著新一代測序技術(shù)的飛速發(fā)展，基因組測序所需的成本和時間較傳統(tǒng)技術(shù)都大大降低，大規(guī)�；蚪M測序漸入佳境，基因組學(xué)研究也迎來新的發(fā)展契機和革命性突破。利用新一代高通量、高效率測序技術(shù)以及強大的生物信息分析能力，可以高效、低成本地測定并分析所有生物的基因組序列。
測序名詞關(guān)系圖
什么是fragments
fragments就是打成的片段，而測序測的就是這些fragments，測出來的結(jié)果就是reads，又可以分為單端側(cè)和雙端側(cè)，單端測序的話，只是從fragments的一端測序，測多長read就多長，雙端測序就是從一個fragments的兩端測，就會得出兩個reads
什么是Reads
高通量測序平臺產(chǎn)生的序列就稱為reads。
(測序讀到的堿基序列片段，測序的最小單位；)
什么是Contig
拼接軟件基于reads之間的overlap區(qū)，拼接獲得的序列稱為Contig（重疊群）。(由reads通過對overlap區(qū)域拼接組裝成的沒有g(shù)ap的序列段；)
什么是ContigN50
Reads拼接后會獲得一些不同長度的Contigs。將所有的Contig長度相加，能獲得一個Contig總長度。然后將所有的Contigs按照從長到短進行排序，如獲得Contig1，Contig2，Contig3...???Contig25。將Contig按照這個順序依次相加，當相加的長度達到Contig總長度的一半時，最后一個加上的Contig長度即為ContigN50。舉例：Contig1+Contig2+Contig3+Contig4=Contig
總長度*1/2時，Contig4的長度即為ContigN50。ContigN50可以作為基因組拼接的結(jié)果好壞的一個判斷標準。
什么是Scaffold
基因組denovo測序（沒有參考基因組的測序，需要研究人員從頭拼接得到的序列），通過reads拼接獲得Contigs后，往往還需要構(gòu)建454Paired-end庫或IlluminaMate-pair庫，以獲得一定大小片段（如3Kb、6Kb、10Kb、20Kb）兩端的序列�；谶@些序列，可以確定一些Contig之間的順序關(guān)系，這些先后順序已知的Contigs組成Scaffold。
(通過pairends信息確定出的contig排列，中間有g(shù)ap)
什么是ScaffoldN50
ScaffoldN50與ContigN50的定義類似。Contigs拼接組裝獲得一些不同長度的Scaffolds。將所有的`Scaffold長度相加，能獲得一個Scaffold總長度。然后將所有的Scaffolds按照從長到短進行排序，如獲得Scaffold1，Scaffold2，Scaffold3...???Scaffold25。將Scaffold按照這個順序依次相加，當相加的長度達到Scaffold總長度的一半時，最后一個加上的Scaffold長度即為ScaffoldN50。舉例：Scaffold1+Scaffold2+Scaffold3+Scaffold4+Scaffold5=Scaffold總長度*1/2時，Scaffold5的長度即為ScaffoldN50。ScaffoldN50可以作為基因組拼接的結(jié)果好壞的一個判斷標準。
什么是測序深度和覆蓋度
測序深度：是指測序得到的總堿基數(shù)與待測基因組大小的比值。假設(shè)一個基因大小為2M，測序深度為10X，那么獲得的總數(shù)據(jù)量為20M。
覆蓋度：是指測序獲得的序列占整個基因組的比例。
Gap：由于基因組中的高GC、重復(fù)序列等復(fù)雜結(jié)構(gòu)的存在，測序最終拼接組裝獲得的序列往往無法覆蓋有所的區(qū)域，這部分沒有獲得的區(qū)域就稱為。例如一個細菌基因組測序，覆蓋度是98%，那么還有2%的序列區(qū)域是沒有通過測序獲得的。
什么是RPKM、FPKM
RPKM,ReadsPerKilobaseofexonmodelperMillionmappedreads,isdefinedinthisway[Mortazavietal.,2008]:
每1百萬個map上的reads中map到外顯子的每1K個堿基上的reads個數(shù)。假如有1百萬個reads映射到了人的基因組上，那么具體到每個外顯子呢，有多少映射上了呢，而外顯子的長度不一，那么每1K個堿基上又有多少reads映射上了呢，這大概就是這個RPKM的直觀解釋。
如果對應(yīng)特定基因的話，那么就是每1000000mapped到該基因上的reads中每kb有多少是mapped到該基因上的exon的read
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